W 1768 roku Jan Klemens Branicki przypisał kaplicę „na Magdalence” do altarii św. Rocha. W pierwotnym zamyśle hetmana świątynne wzgórze nie miało pełnić funkcji nekropolii. Cmentarz założono tu dopiero po 1806 roku. Pierwszą pewną informacją o pochówkach przy kościółku św. Marii Magdaleny jest wykonana w języku rosyjskim adnotacja na planie z 1807 lub 1808 roku (Plan von der Stadt Bialystok). W tłumaczeniu na język polski brzmi ona następująco: Kaplica grobowa Marii Magdaleny, przy której w czasie wojny grzebano żołnierzy rosyjskich. Pierwszy zaś katolicki pogrzeb, jak wynika z ksiąg metrycznych parafii Wniebowzięcia NMP w Białymstoku odbył się tutaj 27 lutego 1807 roku. Z analiz metryk zgonu parafii w Dojlidach za lata 1796-1826 (cerkiew białostocka była wówczas jej filią) wynika, że o ile unici z okolicznych miejscowości grzebani byli na cmentarzu dojlidzkim, to pochówku zmarłych z Białegostoku dokonywano na cerkiewnej parceli przy Bramie Choroskiej. Rozbiory Rzeczpospolitej i, w dalszej perspektywie, wojna pruska przyczyniły się do powstania wokół rotundy na wzgórzu „Magdalenki” nekropolii komunalnej. Na mocy traktatu w Tylży, w 1807 r. Białystok stał się stolicą obwodu i został wcielony do zaboru rosyjskiego. Do miasta przybyła carska administracja i garnizon wojskowy. Pałac, grunta miejskie oraz pozostałe ziemskie majątki Branickich przeszły na własność państwa (Imperium Rosyjskiego). „Dominium białostockie”, zarządzające mieniem obwodu, przekształciło parafialny cmentarz kościoła rzymskokatolickiego w nekropolię publiczną, miejską. Od 1814 roku w metrykach pogrzebowych parafii Wniebowzięcia NMP spotykamy nowy zapis: cmentarz wspólny przy św. Magdalenie. Dokument sporządzony po wizytacji biskupiej w 1828 roku stwierdza ponadto: cmentarz Marii Magdaleny odległy od miasta na 1,5 wiorsty, na którym (…) koło kaplicy chowają się rzymskokatolickiego obrządku, i tam dla szczupłości miejsca zupełnie zawalony trupami. Na drugiej części chowają się unici. Na trzeciej części chowają się greko-rosyjscy. Ten cmentarz na cudzym gruncie bez żadnego oparkowania².

Istotna zmiana struktury wyznaniowej ludności Białegostoku nastąpiła po 1839 roku. W wyniku kasaty unii, część wiernych kościoła grekokatolickiego wróciła do prawosławia. Przyrost w liczbie wiernych odnotowuje również sobór św. Mikołaja (parafię erygowano bezpośrednio po konsekracji świątyni w 1846 r.). Wobec braku odrębnego cmentarza proboszcz soboru zabiegał u władz „dominium białostockiego” o oddanie w zarząd parafii wielowyznaniowej nekropolii przy kaplicy św. Marii Magdaleny. Historyk rzymskokatolickiej diecezji wileńskiej, ks. Jan Kurczewski, uważa, że przekształcenie kościółka „na górce” w cerkiew miało miejsce po 1861 r., zaś 1865 r. rotundę przebudowano. Powyższa opinia cytowana jest dziś w wielu publikacjach³. Archiwum Diecezji Białostocko-Gdańskiej PAKP ma jednak dokumenty, z których wynika, że przejęcie wzgórza „Magdalenki” przez prawosławnych nie było związane z represjami, jakie carat wprowadził po upadku powstania styczniowego.

Kroniki kościoła białostockiego z 1849 r. podają, że prawosławni wierni usiłowali przejąć kościółek i cmentarz wokół rotundy. Na czym „usiłowania” te polegały – trudno stwierdzić. Faktem jest, że w sprawozdaniu proboszcza soboru, ks. Jana Sitkiewicza, za rok 1851 pojawia się informacja, że na cmentarzu miejskim znajduje się czasownia św. Marii Magdaleny – zapis powtarza się w kolejnych sprawozdaniach (za lata 1856-1859)⁴. Z inicjatywy wiernych parafii św. Mikołaja w 1860 roku przeprowadzono remont i rozbudowę kaplicy. Na osi północ-południe rotundę powiększono o część ołtarzową oraz przedsionek. W kolejnym roku położono nową podłogę i postawiono ikonostas. Adaptacja wnętrza to dowód, że już wtedy (do 1860 r.) białostocki sobór miał tytuł prawny do zarządzania kaplicą. 25 lipca 1861 roku cerkiewkę św. Marii Magdaleny wyświęcono w obrządku prawosławnym.

Obecny kształt czasownia św. Marii Magdaleny otrzymała po remoncie w 1865 roku. Do rotundy dobudowano wówczas dwa prostokątne aneksy, a wieżyczkę zwieńczono cebulastym hełmem, kopułą. Na mocy decyzji władz miejskich „dominium białostockiego” z dniem 15 kwietnia 1887 roku cmentarz „na górce” został zamknięty. Od tego czasu do połowy XX w. nekropolia na wzgórzu „Magdalenki” funkcjonowała jako cmentarz historyczny (stary). Przypisaną do soboru kaplicę w okresie międzywojennym obsługiwał kler parafii św. Mikołaja – cmentarz był nieczynny. Jako miejsce grzebalne użyto go tylko raz. W roku 1918 dokonano na nim pochówku białostoczan, którzy zmarli w wyniku epidemii grypy hiszpanki. Ostateczna likwidacja nekropolii nastąpiła po II wojnie światowej. W 1958 r. cmentarny grunt przejął Skarb Państwa. Nowa administracja teren wokół rotundy przekształciła w park miejski. Tym sposobem Urząd do spraw Wyznań w Warszawie „rozstrzygnął” spór co do własności „Magdalenki”, który, przed sądami różnych instancji, od sierpnia 1944 roku, toczył się między rzymskokatolicką parafią św. Rocha a soborem św. Mikołaja. Kres odwołaniom położył rok 1964. Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Białymstoku „pouczyło” wówczas prawosławną parafię przy ul. Lipowej, że może ona wydzierżawić od miasta budynek cerkiewki św. Marii Magdaleny wraz z gruntem wokół niej (kwestii tej nigdy formalnie nie uregulowano).

Spuścizną działań inwestycyjnych lat PRL-u jest, wkopany we wschodni stok „Magdalenki”, amfiteatr. Budowa obiektu trwała 3 lata (1970-1973) i przyczyniła się do zniszczenia oraz dewastacji około 2000 grobów. Na potrzeby centralnych dożynek (urządzono je w Białymstoku w 1973 r.) z powierzchni cmentarza usunięto nagrobki, a teren wokół wzgórza splantowano spychaczem. Tym sposobem doszło do całkowitej likwidacji napowierzchniowej części cmentarza⁵, chociaż szczątki zmarłych spoczywają tam nadal. Prace archeologiczne prowadzone w północno-zachodniej części nekropolii w 2010 r. (w związku z poszerzeniem pasa drogowego ul. Kalinowskiego) były de facto ekshumacją szczątków ludzkich z obszaru budowy. Ratunkowe badania wykopaliskowe objęły ok. 1500 m2 powierzchni. Odkryto łącznie 390 grobów.

Od 2006 roku cerkiew „na górce” Marii Magdaleny jest kaplicą, która z mocy prawa, urzędowo, należy do mienia trwałego soboru św. Mikołaja. Komisja Regulacyjna do spraw Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego w Warszawie, działająca na podstawie ustawy z 4 lipca 1991 r. o stosunku państwa do PAKP, orzekła: przywrócić Parafii Prawosławnej pw. Świętego Mikołaja Cudotwórcy w Białymstoku własność nieruchomości położonej w Białymstoku, przy ul. Konstantego Kalinowskiego 11. Werdykt zatwierdzono 18 października 2006 r. Tym samym białostocki sobór znowu stał się właścicielem cmentarza „na Magdalence”.

Zwierzchnik Prawosławnego Ordynariatu Wojska Polskiego, ks. abp gen. bryg. Sawa, w 1995 roku erygował w Białymstoku wojskową parafię świętych apostołów Piotra i Pawła. Od 1 kwietnia tegoż roku kaplica „na górce” została czasowo użyczona na cerkiew garnizonową. Pierwszym jej proboszczem był ks. ppłk prot. Aleksy Wojciuk.

¹ A. Sztachelska-Kokoczka, Jeszcze raz o kaplicy św. Marii Magdaleny, w: „Białostocczyzna”,Białystok 1992, nr 4/28, s. 69.
² D. Wysocka, Opera na cmentarzu, w: „Przegląd Prawosławny”, Białystok 2006, nr 5 (250), s. 27, [por.:] ks. T. Krahel, Najstarsze białostockie cmentarze katolickie, w: „Czas Miłosierdzia”, Białystok 2010, nr 1, s. 22-23.
³ H. Mościcki, Białystok. Zarys historyczny, Białystok 1933, s.169; J. Maroszek, Własność cerkiewna na terenie miasta Białegostoku, „Białostocczyzna”, Białystok 1992, nr 3/27, s. 15; A. Dobroński, Białystok. Historia miasta, Białystok 1998, s. 47, przyp. 20 – żaden z autorów nie podaje przy tym przypisu źródłowego.
⁴ Archiwum Diecezji Białostocko-Gdańskiej, Sprawozdania kleru parafii św. Mikołaja, teczka nr 2.
⁵ porównaj: J. Tołłoczko, Ł. Włoch, Karta Ewidencyjna zabytku nieruchomego „Kaplica rzymsko katolicka, obecnie prawosławna pw. św. Marii Magdaleny”, nr 2721 w archiwum Wojewódzkiego Urzędu Ochrony Zabytków w Białymstoku.

Parafialne święta:

* 4 sierpień (22 lipiec wg starego stylu) - dzień św. Równej Apostołom Marii Magdaleny

* 12 lipiec (29 czerwiec wg kalendarza juliańskiego) - dzień śww. Apostołów Piotra i Pawła.

Porządek nabożeństw:

sobota, godz. 17:00 - całonocne czuwanie (wsienoszcznoje bdienije)

niedziela, godz. 8:00 - Liturgia Święta

Święta z cyklu dwunastu wielkich:

godz. 17:00 - całonocne czuwanie (w przeddzień święta)

godz. 9:00 - Liturgia Święta